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一般來說，細胞核染料根據其滲透性，可分為膜滲透性核染料和膜不可滲透性核染料。

膜滲透性核染料可用于標記具有健康、完整細胞膜的活細胞，以及具有受損膜的細胞（如死細胞，固定細胞或透化細胞）。這些染料的總體毒性相對較低，對細胞功能的影響極小，從而可以在細胞發育和細胞過程的階段跟蹤活細胞，或作為活細胞中合適的復染劑。膜滲透性核染料如Hoechst系列、DAPI等。

膜不可滲透性核染料可用于標記受損細胞膜的細胞核，例如死細胞，固定細胞或透化細胞。由于膜不可滲透性核染料不能標記活細胞，因此它們通常在細胞生存力測定中用作死細胞指示劑，或在免疫標記或共定位實驗中用作核復染。膜不滲透的核染料包括PI、7-AAD等。

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