蛋白分子量標準，常稱之為蛋白Marker。在免疫印跡（Western blot）試驗中，分子量Marker雖不起眼，但意義重大，是陽性對照，是大小的標準，是必須的。只有Marker精確無誤了，實驗結果才有說服力。除此之外，蛋白Marker還能夠提示電泳是否正常，轉移是否成功等信息。
光陰似箭，日月如梭，不知不覺中蛋白Marker經歷了普通Marker、預染Marker和曝光Marker三個發展階段。
1.0代產品：普通蛋白Marker
普通蛋白Marker，或稱之為未染色蛋白分子量標準，也叫預混（pre mixed）蛋白分子量Marker，是簡單，也是最準確的一種。由于沒有附帶染料分子或者是標記分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，是早期精確判斷蛋白大小的產品。普通Marker多數都選用預混和的Marker，方便不同大小的蛋白比較。預混的Marker通常有一個或者幾個條帶加倍濃度作為區別，用于幫助判斷每個條帶的大小。在選擇上來說，當然是選擇其中至少有一條條帶和自己的目的蛋白大小相近的，越近越好。普通Marker不如預染Marker好用，因為電泳過程中看不到，要和目標蛋白一起等到最后染色才能見真容，無法對實驗過程起預示參照作用。屬于“后知后覺"型的，當然還是比“不知不覺"不做對照的要好。按照條帶的分子量大小通常有三種：寬分子量蛋白Marker、高分子量蛋白Marker、低分子量蛋白Marker。
從實驗總體考慮的，應該選范圍盡量寬，條帶分布比較均勻的，這樣你的蛋白無論在哪個區間都容易判斷，避免正好落在一段空白區的風險。不過，條帶越多，價格可能也會越貴。如果買的是大包裝，就應該考慮分裝。要考慮到反復凍融對蛋白的傷害，不能因為實驗虐我，我就虐蛋白吧。另外要知道，寬譜的Marker不一定每條都能看到的，特別是Mini Cell。還有，如果側重大蛋白，那小的可能就已經跑掉了，跟質量無關。
在一般的蛋白電泳當中，低分子量Marker（PR1400）使用較多，除了有指示蛋白大小的作用以外，有時還可以用作粗略的定量。還有一類特別小的蛋白Marker，比如用于30kD以下蛋白或者多肽的。其中GE的從2kD到16kD之間有6條帶的蛋白Marker挺不錯，另外提醒一句，特別小的蛋白Marker條帶如果要顯色漂亮，上樣量一定要足夠。
2.0代產品：預染蛋白Marker
預染蛋白分子量（prestained Marker），也叫預染Marker，是將Marker的蛋白，通過與染料共價耦聯，在電泳過程中或者轉膜時可以肉眼直接觀察到的一種蛋白分子量Marker。預染Marker帶來了很多方便，可以幫助我們在電泳時、電泳后，以及轉膜后監測電泳情況和估計遷移率。比如，已知垂直電泳最佳分辨區域大約在膠的2/3處，如果使用預染Marker就可以預測目標蛋白進入最佳分辨區時停止電泳以得到最佳分辨效果；如果觀察到Marker電泳異常也可以及時終止電泳。另外在Western Blot轉膜以后可以直接觀察蛋白轉膜是否完成。Marker和染料一同轉移到膜上，可以方便的用來對照顯色后的目標蛋白大小。預染Marker有這么多優點，所以現在應用的很多。值得注意的是，預染蛋白Marker與染料共價耦聯，在不同的緩沖條件下電泳時遷移特性可能會發生某些變化，可能會導致一些偏差，所以不太適合精確定位蛋白。如果拋開分子量的偏差，預染Marker還是很好用的，也可以和普通Marker一起使用，做精確對比。 預染Marker可以分為兩種：單色預染和多色預染（又稱為彩虹Marker）。單色的Marker通常是利用其中某些條帶加倍濃度來提示其大小的，觀察起來不是很方便。彩虹Marker（PR1910），比較容易區分條帶的大小。還有一點特別要注意，由于轉膜是一個將膠里的Marker轉印膜上，所以需要的上樣量相對少一些。如果想要在電泳過程中看到美麗的“彩虹"或者漂亮的單色Marker，往往需要比說明書里多加一些Marker的。省錢與美麗，背道而馳。
2.5代產品：間接曝光Marker
普通Marker和預染Marker還有一個缺點就是不能夠在最終Western曝光的膠片或者掃描照片中顯色，最終判斷Western結果，還需要將照片和膜進行比對，容易出現偏差或者錯誤。很多產品在向最終的顯色做努力，Biorad的Precision Plus Protein WesternC 就是其中的一例。該產品的所有條帶都含有 Strep-標簽，當使用 StrepTactin-HRP時可被化學發光檢測最終顯示在凝膠轉印膜膠片或 CCD 圖像中。這個好像有些復雜，需要輔助另外的產品，或者多余的步驟，我們就把該類產品定義為蛋白Marker的第2.5代產品，或者叫做的蛋白Marker 2S吧（apple手機的命名規則）。
3.0代產品：曝光Marker
說了這么多，大家也明白了蛋白Marker的第三代產品是什么樣子的。3.0版本的蛋白Marker，就是最終的Marker條帶會和檢測目標蛋白會一同出現在顯色的圖片中，我們又稱之為曝光Marker（Exposure Marker）。曝光Marker的原理是，每個條帶蛋白都含有IgG結合位點，可以與人、小鼠、大鼠、山羊、綿羊以及兔子來源的IgG恒定區結合，因此在實驗過程中這些蛋白可以直接或間接地結合二抗，與實驗樣品信號同時在X膠片上曝光顯色。由此可以更方便準確地判斷實驗樣品信號的位置和大小。
曝光Marker克服了使用常規預染 Marker評估蛋白轉膜效率和樣品抗原信號時所存在的一些不足。這些不足主要表現為：1、預染marker經過化學修飾后分子量與SDS-PAGE上表現的遷移率不一致；2、預染marker無法在X光膠片上顯色，X光膠片上顯色的條帶需要與轉移到膜上的預染 Marker比對才能確認蛋白的位置和大小，整個過程比較繁瑣同時容易造成誤差甚至是錯誤。3、也是最重要的一點，目的條帶和曝光Marker出現在同一圖片中，而不是后期的拼接，這樣的結果更讓別人信賴。現在很多大文章都在使用曝光Marker，可以預見，以后文獻上逐漸都會使用曝光Marker。
